Pilates blev født i Düsseldorf i Tyskland i 1880. Han dyrkede yoga, akrobatik, gymnastik, skiløb, dykning og boksning.
I 1912 rejste Pilates til London, hvor han blev professionel bokser og træner i selvforsvar for Scotland Yard. Ved Første Verdenskrig´s udbrud blev han på grund af sit tyske statsborgerskab interneret og brugte tiden på at udvikle sine ideer om helbred og fysisk træning. Han studerede alt fra yoga til dyrs bevægelser.
I 1918 udbrød en influenzaepidemi, der krævede mange dødsfald, men ingen af hans medinternerede døde. Pilates var sikker på, at det skyldtes den gode form, de var i efter lang tids intens træning under hans kyndige vejledning.
Efter krigen rejste han tilbage til Tyskland, hvor han samarbejdede med andre toneangivende pionerer indenfor bevægelsesteknikker.
I 1923 rejste han til New York sammen med sin kone Clara, for at fortsætte sit arbejde. De etablerede et studie og blev meget hurtigt anerkendte især blandt dansere.
Martha Graham og George Balanchine var særlig dedikerede og siden fulgte dansere i stort tal.
De opdagede, at der her var en metode til, ikke bare rehabilitering efter skader, men i høj grad til forebyggelse af skader.
Pilates fortsatte til sin død i 1967 med at udvikle og opfinde nye måder at arbejde med øvelserne på.
Pilates dannede aldrig en skole, hvor han kunne uddanne lærere i sin metode. Hans klienter gik i stedet ud og underviste det, de havde lært.
I dag er uddannelsen af Pilatesinstruktører både struktureret og formuleret indenfor forskellige "skoler".